A tale proposito si è espresso molto chiaramente il Ministero dello Sviluppo Economico con la faq 2.7 dei "Chiarimenti in materia di efficienza energetica in edilizia" pubblicati nell'agosto 2016 nella quale ha specificato quanto segue:

"Emettere un APE senza allegare il libretto di impianto comprensivo dei relativi allegati, tra cui anche un valido rapporto di controllo di efficienza energetica, significa dichiarare che l’impianto è stato ed è esercito dal responsabile in violazione di quanto previsto dal D.lgs.192/05 e dal DPR 74/2013 per cui è applicabile la sanzione amministrativa prevista dall’art. 15 dello stesso D.lgs. 192/05 e s.m.i. [...]

All’atto dell’emissione dell’APE, se necessario, occorre quindi far redigere il libretto di impianto e dotarlo degli allegati richiesti compreso un valido rapporto di controllo di efficienza energetica. Solo nel caso che l’impianto sia distaccato dalla rete del gas o dichiarato dismesso o disattivato (al catasto degli impianti termici se operante) può mancare il rapporto di controllo di efficienza energetica in corso di validità."

Il testo completo delle FAQ del MiSE può essere consultato al seguente link: https://www.mimit.gov.it/images/stories/documenti/faq_efficienza_energetica_edifici_seconda_serie_1agosto_2016.pdf